Елена
Златник
Юрьевна
Главный научный сотрудник
Доктор медицинских наук
Профессор
AAI-1311-2020
6603160432
327457
https://orcid.org/0000-0002-1410-122X
0000-0002-1410-122X
РОССИЯ
Олег
Кит
Иванович
Генеральный директор
РОССИЯ
2022-06-06
У пациента производят забор биопсийного образца опухолевой ткани, образцы замораживают в жидком азоте для транспортировки в лабораторию и для хранения, выделение геномной ДНК из ткани проводят следующим образом: фрагменты ткани измельчают скальпелем и/или ножницами, помещают в лизирующий раствор, дальнейшее выделение ДНК проводят по методу фенол-хлороформной экстракции, выделенную ДНК обрабатывают в ходе бисульфитной конверсии с помощью набора EpiJET Bisulfite Conversion Kit, Thermo Scientific, анализируемые последовательности генетических локусов амплифицируют в 35 мкл ПЦР-смеси, содержащей 1x ПЦР-буфер, 0,2 мМ dNTPs, MgCl2, 1 ед. акт. Taq-DNA-полимеразы, по 0,4 мкM прямого и обратного праймеров, амплификацию проводят на термоциклере в соответствии с инструкциями производителя по следующей программе: первичная денатурация: 95°С 5 мин., 45 циклов: 95°С 20 с; 72°С 20 с, терминальное удлинение цепи 72°С 10 мин, ампликоны, полученные после постановки ПЦР на матрице бисульфит-конвертированной ДНК, подвергают очистке, денатурации и отмывке с последующим отжигом с секвенирующим праймером при 80°С и постановкой реакции пиросеквенирования с использованием системы генетического анализа PyroMark Q24, Qiagen, Germany согласно инструкции производителя, постановку пиросеквенирования каждого образца проводят, как минимум, в двух повторах, полученные данные анализируют с помощью программного обеспечения PyroMark Q24 Software, Qiagen, Germany, значение метилирования отдельного CpG-сайта используют для вычисления усредненного метилирования промоторного участка каждого гена (Met, %), при статусе метилирования MеtLINE1 более 72%, MеtАРС1 менее 11%, MеtMGМT менее 10,5%, MеtRАSSF1А менее 12% и MеtRUNX3 менее 10% следует ожидать благоприятного клинического течения нейроэндокринных новообразований толстой кишки, а при значениях MetLINЕ меньше или равно 72%, MetАPС1 больше или равно 11%, MetМGМТ больше или равно 10,5%, MetRАSSF1А больше или равно 12% и MetRUNX3 больше или равно 10%, напротив, следует ожидать неблагоприятного клинического течения нейроэндокринных новообразований толстой кишки.
36.000
№03/22 от 06.06.2022